宗教法人では、法人税は収益事業があれば申告納税義務が生じます。もちろん、地方法人税も課税されます。また、消費税は、必ずしも収益事業・非収益事業と関連せずに、申告納税義務が生じる場合があります。
しかし本来の宗教活動以外からの収入が少ない場合は、消費税の課税問題は発生しないことがほとんどです。

宗教法人が給与を支給すれば、源泉徴収義務が発生します。

一般にはあまり知られていませんが、信者さんが亡くなり、その相続財産を宗教法人に寄付した場合、相続税がかかる場合があります。その他、印紙税や登録免許税のように一部を除き、宗教活動のためのものであれば非課税となるものもあります。

しかし様々な事例について、どのようなものが課税対象に該当するのかは個々に検討していく必要があります。いずれにしても、近時、宗教法人に対する課税強化とも思える通達や判例が出てきていますので、注意が必要です。
ご不明な点はご遠慮なく、当会計事務所にぜひご相談ください。